Ioan Holender s-a născut în iulie 1935, la Timișoara. Se trăgea dintr-o familie instărită de evrei și tatăl său deținea o fabrică de oțet și una de marmeladă. Ioan Holender a precizat în mai multe interviuri că Timișoara este patria sa, și de-a lungul vieții a scris mai multe cărți în care descrie orașul în care s-a născut, cu bune și cu rele. De pildă, într-una rememorează un episod din timpul celui de-al Doilea Război Mondial.
Avea 8 ani și a fost bătut măr, în plină stradă, așa cum s-a întâmplat cu mai mulți evrei din Timișoara. Pe de altă parte, tot Holender avea să admită mai târziu că evreii din Banat au avut totuși o soartă ceva mai fericită decât cei din restul țării.
După naționalizare, adolescentul Ioan Holender a trebuit să lucreze ca muncitor necalificat pentru a-și ajuta familia și s-a inscris la „Școala medie de energie electric”.
A urmat apoi cursurile facultății Politehnice din Timișoara, secția „material rulant”. Prin urmare, cel care avea să devină o figură importantă a muzicii simfonice europene, se pregătea să devină inginer. Nu a profesat niciodată, fie și pentru că în 1956 a avut loc o revoltă anti-comunistă în Ungaria, cu care s-au solidarizat și studenții din Timișoara. Ioan Hollender a fost unul dintre cei care a luat cuvântul în aula facultății și prin urmare, a fost arestat. A fost eliberat după câteva zile și a fost exmatriculat , fără a mai avea dreptul de a se înscrie la o altă facultate.
Consecințele puteau fi mult grave, dat fiind că vorbim de România anilor 50. Totuși, Ioan Holender avea să spună ulterior că perioada petrecută la Politehnică i-a fost de mare folos, pentru că algebra și analiza matematică i-au antrenat creierul și extrem important, profesorii săi l-au învățat cum să învețe. În timpul facultății, își petrecea timpul liber între concertele de muzică simfonică și terenul de tenis. De fapt, după ce a fost exmatriculat, Ioan Holender a și lucrat ca instructor de tenis.
În 1959, a reușit să plece împreună cu tatăl său la Viena, și la scurt timp după ce a pus piciorul pe pământ austriac, s-a înscris la Conservator. După absolvire, a fost bariton al mai multor opere și în 1966, a început să managerieze trupe de teatru și muzică simfonică. La sfârșitul anilor 80, s-a angajat ca secretar general al Operei de Stat din Viena, una dintre cele mai prestigioase instituții de gen din Europa.
În 1992, directorul Operei a murit pe neașteptate și în locul său a fost numit Ioan Holender. Inițial, s-a vorbit de un mandat interimar, dar în cele din urmă, Holender a condus Opera de Stat din Viena vreme de 19 ani. De fapt, este recordul absolut al instituției care funcționează de peste 150 de ani. Bazându-se pe prestigiul său, autoritățile române i-au cerut lui Holender să se ocupe și de Festivalul George Enescu și într-o bună măsură, succesul acestui festival i se datorează. A renunțat la funcția de director artistic al festivalului după 12 ani, sătul de de birocrația tipic românească. În prezent, Ioan Holender este consultant al Operei Metropolitane din New York și al Festivalului de Primăverii din Tokio.
