Rustam Mahmudov a fost declarat vinovat că a tras asupra jurnalistei în momentul in care aceasta intra în imobilul în care locuia, pe 7 octombrie 2006. Unchiul asasinului a fost organizatorul atentatului. De asemenea, tribunalul l-a condamnat la 20 de ani de închisoare pe poliţistul Serghei Hagikurbanov, care a participat la pregătirea asasinatului.
Cei doi fraţi ai atacatorului – acuzaţi că au supravegheat-o pe Anna Politkovskaia şi l-au avertizat pe fratele lor în momentul sosirii, au primit pedepse de 12, respectiv 14 ani de închisoare.
Ancheta nu a reuşit insa sa identifice persoanele care au comandat asasinatul.
În 2012, un fost poliţist a fost condamnat la 12 ani de închisoare pentru că a localizat-o pe jurnalista de investigaţie şi a furnizat arma cu care a fost asasinată.
Asasinarea Annei Politkovskaia – care lucra pentru cotidianul independent Novaia Gazeta, foarte critic la adresa politicii Kremlinului în Cecenia – a provocat emoţie în lumea întreagă şi numeroase critici din partea presei străine şi a organizaţiilor pentru apărarea drepturilor omului.